Die CSU hat ihre absolute Mehrheit in Bayern verloren. Die CSU sackte auf gut 43 Prozent ab und verlor damit zweistellig gegenüber der letzten Landtagswahl. Nach über 40 Jahren der Alleinherrschaft muss sich die CSU einen Koalitionspartner suchen. Personelle Konsequenzen hat der Wahlausgang aber zunächst nicht. Der Landesparteitag der CSU wird am 25. Oktober über mögliche Verändeurngen in der Parteispitze entscheiden. Parteichef Erwin Huber als auch Ministerpräsident Günther Beckstein haben ihre Bereitschaft zum Rücktritt angedeutet.
Als wahrscheinlichster Koalitionspartner der CSU wird die FDP gehandelt, die mühelos die 5-Prozent-Hürde übersprang. FDP-Spitzenkandidat Martin Zeil bot der CSU unmittelbar nach der Wahl Gespräche an.
Die Freien Wähler konnten von den Verlusten der CSU profitieren und können sich als Gewinner der Wahl sehen. Sie werden mit einem zweistelligen Ergebnis das Münchner Maximilianeum einziehen. Die Freien Wähler zeigten sich offen für Koalitionsgespräche mit allen Fraktionen. Bevorzugt wird von ihrer Seite eine Koalition mit der CSU.
Die SPD kam auf 18,6 bis 18,7 Prozent (2003: 19,6). Die Grünen legten um 0,2 Punkte auf 9,3 Prozent zu. DIE LINKE hat den Einzug in den Landtag verpasst. Sie erhielt 4,3 Prozent der Stimmen.